با ظهور منابع تابشی نوین اشعه ایکس همدوس مانند سینکروترون ها و لیزرهای الکترون آزاد، هولوگرافی مجموعه های اتمی با پرتو ایکس وارد فاز تازه ای در راستای شناسایی ساختار مواد شده است. در این مقاله با یک شبیه سازی ساده به قابلیت ها و محدودیت های هولوگرافی پرتو ایکس از خوشه های اتمی پرداخته می شود. ابتدا، مروری کوتاه به نظریه هولوگرافی پرتو ایکس ارائه می گردد. سپس یک برنامه کامپیوتری نوشته می شود که قادر به تولید دیجیتالی هولوگرام از ساختارهای اتمی فرضی و ارائه تصویری از مکان اتم ها می باشد. با اجرای شبیه سازی برای یک تکه الماس نانومتری (که مشتمل بر چند ده اتم کربن است) نشان داده می شود که هرچه تصویر هولوگرامی گرفته شده از آن وسیع تر باشد جایگاه های اتمی با دقت بیشتری مشخص خواهند شد.
