در قرن حاضر، حفاظت سیستم حیاتی رودخانه از اهداف اصلی ساماندهی رودخانه ها در توسعه پایدار منابع آب بشمار می آید. لذا 1390 در بازه ایستگاه های زرگان - در طی سال های 1386 NSFWQI در این تحقیق کیفیت آب رودخانه کارون با شاخص کیفیت آب تا کوت امیر مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصله نشان داد که کیفیت آب رودخانه کارون، در طی 5 سال اخیر از رده خوب و متوسط در سال 1386 به رده بد در اسفند 1390 تنزل یافته است و رودخانه در طبقه 3 نظام طبقه بندی سالانه کیفیت آب م یباشد و در این بازه خودپالایی رودخانه در حد کم می باشد.
