آلودگی اکوسیستمهای آبی با مواد شیمیایی طبیعی یا مصنوعی به عنوان یکی از بزرگترین تهدیدات قرن بیست و یکم برای سیاره زمین محسوب میشود. با وجود حدود 131111ماده شیمیایی در حال استفاده، و همچنین منابع بیشمار صنعتی، کشاورزی و خانگی آلایندهها، وظیفه بشر برای حفاظت از اکوسیستمهای آبی زمین نشاندهنده یکی از چالشهای بزرگ قرن حاضر است. اکوتوکسیکولوژی بر مطالعه ی قرار گرفتن در معرض، تجمع و اثرات عوامل استرس زای محیطی در مقیاس های مختلف، از مولکول ها، سلول، اندام، کل ارگانیسم، جمعیت، جامعه تا سطوح اکوسیستم و بیوسفر تمرکز دارد. هدف اصلی اکوتوکسیکولوژی درک و در نهایت پیشبینی اثرات تنش آلاینده بر سیستمهای اکولوژیکی و بعلاوه اثرات مواد شیمیایی جدید مانند نانوذرات، آفتکشهای سنتز شده جدید، مولکولهای دارویی پیچیده و آلاینده های نوظهور بر اکوسیستم ها و موجودات است
