مهمترین آلاینده هایی که باعث ایجاد آلودگی آب می شوند، نیتروژن و فسفر موجود در رواناب کشاورزی هستند که به آلودگی غیرنقطه ای موسوم هستند. در این پژوهش از مدل L-THIA برای نمایش توزیع مکانی کل فسفر، کل نیتروژن، نیترات-نیتریت، مواد جامد محلول و مواد جامد معلق و از نرم افزار SPSS جهت بررسی ارتباط آن با کاربری های اراضی در حوضه آبخیز زاینده رود، استفاده شد. جهت بررسی اثر کاربری اراضی آن بر پارامتر های کیفیت آب رودخانه تعداد 5 زیر حوضه که دارای بیشترین تنوع کاربری اراضی بودند انتخاب و با نرم افزار ArcView به کمک برنامه جنبی HEC-GeoHMS، مرز زیرحوضه آبخیز و نسبت کاربری های اراضی مختلف مربوط به هر زیرحوضه تعیین گردید، سپس در هر زیر حوضه یک ایستگاه تعیین شد و میزان آلاینده ها طی یک دوره یکساله از فروردین 94 تا فروردین 95 مورد پایش قرار گرفت. نتایج آماری و ضریب همبستگی پیرسون حاکی از آن است که ارتباط معنی داری بین کاربری کشاورزی با همه آلاینده های مورد بررسی به جز فسفر محلول، بین اراضی مسکونی و بایر و همه آلاینده ها به جز مواد جامد محلول و نیترات-نیتریت و بین اراضی مرتعی و جنگلی و مواد جامد محلول وجود دارد. با بررسی پهنه های تجمع میزان فسفر و نیتروژن در حوضه آبخیز و شناسایی محیط هایی که میزان این مواد بالاست، می توان اقدامات مدیریتی جهت کاهش میزان مصرف نیتروژن و فسفر و در نهایت کاهش میزان آلودگی در حوضه آبخیز به عمل آورد.