مدل سازی آب زیرزمینی اهمیت ویژه ای در مدیریت و برنامه ریزی هر منطقه دارد. در این پژوهش با استفاده از اطلاعات زمین شناسی، هیدرولیکی و هیدرولوژیکی، به شبیه سازی عددی آبخوان دشت همدان – بهار با استفاده از نرم افزار GMS پرداخته شد. بدین منظور ابتدا مدل سه بعدی هیدرولوژیکی دشت تهیه و سپس جریان در دشت با کد عددی MODFLOW شبیه سازی گردید. پس از شبیه سازی جریان، کالیبره کردن مدل به روش سعی و خطا انجام گرفت. اختلاف تراز آب مشاهداتی و محاسباتی در محدوده مجاز 35 متر به عنوان دامنه مطلوب بود. تخمین آلودگی با کد عددی MODPATH نشان داد که، طولانی ترین مسیر انتقال آلودگی 43400 متر می باشد. جهت انتقال آلودگی نیز از جنوب غربی به شمال شرقی آبخوان، همسو با گرادیان هیدرولیکی بود.