MicroRNA (miRNA)ها یکی از انواع RNAهای کوچک درون زاد غیرکد کننده پروتئین می باشند که در تنظیم فرایندهای گوناگون سلولی نقش دارند. همچنین تحقیقات نشان داده که miRNAها نقش مهمی در پاسخ به تنش های محیطی ایفا می کنند. شناسایی miRNAها در گونه های مختلف در سال های اخیر بسیار مورد توجه قرار گرفته است. در این تحقیق miRNAهای گیاه برنج، به منظور بررسی خصوصیات ساختار ساقه – حلقه، توالی و ژن های هدف آنها با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفتند. همچنین مقایسه ای بین miRNAهای برنج با سایر گیاهان تک لپه و دو لپه به منظور شناسایی miRNAهای حفاظت شده و ژن های هدف آنها انجام شد. نتایج نشان داد با وجود تنوع فراوان گیاهان نسبت به جانوران از نظر طول ساختار ساقه-حلقه، در گیاهان نیز طول اکثر miRNAها هم در تک لپه ها و هم در دو لپه ها در محدوده مشابهی وجود دارد. همچنین برای برنج و سایر گیاهان فراوان ترین نوکلئوتید در انتهای 5 مولکول miRNA با طول 20، 21 و 22 اوراسیل و برای طول 24 آدنین بود. miRNAهای اختصاصی و miRNAهای حفاظت شده برنج و ژن های هدف آنها شناسایی شدند، که عمده ترین ژن های هدف برای miRNAهای حفاظت شده فاکتورهای رونویسی بودند.
