miRNAها، RNAهای کوچک تنظیم کننده ای هستند که در فرآیند های مختلف بیولوژیکی گیاه نقش دارند. این مولکول ها به پروتئین ترجمه نشده ولی در کنترل بسیاری از ژنهای کد کننده پروتئین نقش دارند. در این مطالعه، miRNAهای بالغ و پیشساز گوجه فرنگی و ژنهای هدف آنها مورد بررسی قرار گرفته اند. تاکنون در این گیاه 77 پیشساز معرفی شده اند که در مجموع 110 miRNA بالغ تولید می کنند. نتایج بررسی توزیع طول برای ساختارهای ساقه -حلقه در گوجه فرنگی نشان داد که 50 درصد ساختارهای ساقه-حلقه در این گیاه بین 80 تا 180 نوکلئوتید طول دارند. در مجموع برای همه miRNAها 322 ژن هدف شناسایی شد که شامل 237 ژن منحصر به فرد بود. برخی ژن ها توسط چندین miRNAها به عنوان هدف شناسایی می شوند. عمده ژن های هدف از طریق مکانیسم برش توسط miRNAها کنترل می شوند. آنالیز GSEA نشان داد که ژنهای هدف miRNAها در بسیاری از فرایند های حیاتی گیاه نقش داشته و پاسخ به استرس، اتصال به DNA، فعالیت فاکتورهای رونویسی، انتقال سیگنال، اتصال به پروتئین و فعالیت کینازها مهم ترین فعالیت های تحت کنترل miRNAها هستند.
