محمود قربانی مرغشی

خانواده ژنهای موتیف hook-AT بسیار حفاظت شده هستند و نقش بسیار مهمی در فرآیندهای بیولوژیکی گیاهان ایفا میکنند. با وجود این تاکنون هیچگونه بررسی این خانواده ژنی در گیاه کاردامینه هیرسوتا انجام نشده است. در این مطالعه با توجه به یافتههای خانواده ژن موتیف -AT hook در آرابیدوپسیس تالیانا، خانواده ژنهای موتیف hook-AT در ژنوم کاردامینه هیرسوتا شناسایی، بررسی و تفسیر شد. با استفاده از بررسیهای Silico In ،ویژگیهای ساختار پروتئینها و ژنها، مکانهای کروموزومی، رویدادهای تکراری ژن و روابط فیلوژنتیکی ارزیابی شد. در ابتدا 29 ژن AHL در کاردامینه هیرسوتا شناسایی شد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک نشان داد که AHLها در کاردامینه هیرسوتا به 2 کالد، کالد A بدون اینترون و کالد B با 5-4 اینترون مشابه ارابیدوپسیس تالیانا تکامل یافتهاند. بر اساس ترکیب موتیف)های( hook-AT و دامنه PPC ،پروتئینهای AHL به سه نوع )III/-II/-I-Type )طبقهبندی شدند بهطوری که کالد A نوع یک و کالد B نوع دو و سه را تشکیل دادند. همچنین بررسی موتیفها نشان داد که سه ژن AHL1 ،AHL10 و AHL11 اگرچه دارای موتیف hook-AT هستند اما بدون دومین PCC بوده و بر این اساس، تعداد واقعی ژنهای خانواده AHL در گیاه کاردامینه هیرسوتا 26 میباشد. بررسی وضعیت مضاعف شدن در خانواده ژنهای AHL در کاردامینه هیرسوتا نشان داد 16 ژن همولوگ ناشی از دوبرابر شدن قطعهای میباشند و توالی تاندمی در هیچکدام از ژنها مشاهده نشد. بررسی نسبت نرخ جانشینی غیر مترادف به نرخ جانشینی مترادف، یعنی Ks/Ka در 5 جفت ژن همولوگ نشان داد که آنها با 1