سابقه و هدف: تأثیرات همخونی آکادمیک بر میزان بهره وری پژوهشی در هر نظام آموزش عالی ممکن است متفاوت باشد؛ بنابراین، این پژوهش با بررسی بهره وری پژوهشی اعضای هیئت علمی همخون و غیرهمخون در سه دانشگاه برتر کشور، این مسئله را مورد تجزیه و تحلیل قرار داد. مواد و روش ها: پژوهش حاضر جزوه پژوهش های کمّی از نوع توصیفی است که با استفاده از روش علم سنجی انجام شده است. جامعه پژوهش شامل اعضای هیئت علمی همخون و غیر همخون با مرتبه استادیار از سه دانشگاه برتر کشور در نظام رتبه بندی شانگهای بودند که براساس شاخص های بهره وری پژوهشی در سه حوزه فنی- مهندسی، علوم پزشکی، و علوم انسانی- اجتماعی، مورد بررسی قرار گرفتند. ابزار مورد استفاده برای گردآوری داده ها در این پژوهش، پایگاه اسکوپوس بود. یافته ها: یافته های اصلی این پژوهش نشان داد اعضای هیئت علمی همخون 26% بیشتر از اعضای غیرهمخون خروجی انتشاراتی داشته اند. علاوه بر این، میزان استنادات و اچ ایندکس انتشارات اعضای همخون، به ترتیب با 4/24% و 1/5% بیشتر از اعضای غیرهمخون است. در جذب منابع مالی پژوهشی اعضای غیرهمخون نسبت به اعضای همخون موفق تر بودند. اعضای همخون با 26/40% تمایل بیشتری به همکاری درون سازمانی و اعضای غیرهمخون با 54/13% تمایل بیشتری به همکاری بین المللی داشته اند. نتیجه گیری: درمجموع، نتایج این پژوهش نشان داد که اثر گذاری پژوهشی اعضای همخون نسبت به غیرهمخون بیشتر است. همچنین میزان جذب منابع مالی پژوهش توسط اعضای غیرهمخون نسبت به همخون بیشتر است و در نهایت اعضای همخون تمایل به همکاری درون سازمانی داشتند، در حالی که اعضای غیرهمخون تمایل به همکاری بین المللی داشتند.