هدف پژوهش حاضر شناسایی چالش های جهت دهی پژوهش های دانشگاهی به سمت نقش آفرینی در حل مسائل و نیازهای کشور بود. برای دستیابی به این هدف، از روش تحلیل محتوای کیفی استفاده شد. جامعه هدف در پژوهش حاضر شامل 16 خبره دانشگاهی و پژوهشگاهی بودند که با استفاده از روش نمونه گیری هدفمند از نوع معیاری انتخاب شدند. ابزار گردآوری داده ها مصاحبه نیمه ساختاریافته بود. برای تحلیل داده ها نیز از روش تحلیل محتوای استقرایی استفاده شد. برای بررسی اعتبار یافته های حاصل از پژوهش از سه روش بازبینی توسط مشارکت کننده، بهم تنیدگی و بازبینی توسط همکار استفاده شد. تجزیه وتحلیل داده ها نشان داد که چالش های جهت دهی پژوهش های دانشگاهی به سمت نقش آفرینی در حل مسائل و نیازهای کشور را می توان در چهار مقوله اصلی و هشت مقوله فرعی شامل چالش های نهادی (خلأ آیین نامه ارتقاء در عدم اختصاص امتیاز ویژه به انجام پژوهش های کاربردی و مسئله محور، نبود نظام نظارت و اعتبارسنجی مناسب)، چالش های سازمانی (توزیع نامناسب نسبت اعضای هیئت علمی به دانشجو، عدم اختصاص بودجه عملیاتی و مسئله محور در دانشگاه ها، عدم توجه به مقوله مأموریت گرایی در جذب اساتید و دانشجویان)، چالش های محیطی (کامل نبودن چرخه علم، فناوری و نوآوری، تقاضای کم از سوی نهادها و سازمان های برای انجام پژوهش های کاربردی) و چالش های فردی (عدم توانایی و تمایل اندک اساتید در حل مسائل و مشکلات جامعه) طبقه بندی کرد.