اتوفاژی یک سیستم بازیافت سلولی حفاظت شده در طول تکامل است که برای هموستازی سلولی لازم است. این فرآیند شامل حذف اندامک های آسیب دیده یا پروتئین های معیوب در یوکاریوت هاست. مسیر اتوفاژی نه تنها تنظیم سلولی را حفظ می کند، بلکه پاسخ های دفاعی سلول به آلودگی بیمارگرها را نیز تنظیم می کند. چندین پژوهش نشان داده اند که اتوفاژی نقش موثری در سازگاری و مصونیت گیاه ایفا می کند. به دلیل آلودگی سیستمیک ویروس های گیاهی در میزبان های خود، هیچ سم شیمیایی نمی تواند بدون صدمه زدن به گیاه، ویروس را مورد هدف قرار دهد. بنابراین این مسیر سلولی می تواند به عنوان هدف بالقوه ای برای توسعه عوامل شیمیایی و یا توسعه مقاومت ژنتیکی به ویروس های گیاهی باشد. به عنوان انگل های درون سلولی، تکثیر و انتشار ویروس ها به طور کامل وابسته به ماشین مولکولی میزبان از جمله فرآیند اتوفاژی است. ویروس های گیاهی به شدت کمیت و کیفیت محصولات گیاهی را کاهش می دهند. در حین آلودگی، هم کنش های پیچیده ای بین پروتئین های ویروسی و فاکتورهای میزبانی رخ می دهد تا واکنش های دفاعی گیاه و واکنش های ضددفاعی بیمارگرها به تعامل برسند. شواهد روزافزون نشان می دهند گیاهان از اتوفاژی برای حذف و ممانعت از آلودگی های ویروسی استفاده می کنند و در مقابل ویروس ها نیز با دستکاری اتوفاژی، تکثیر و بقا خود را در سلول های گیاه بهبود می دهند. در این مقاله آخرین یافته ها در مورد اتوفاژی گیاهی با تمرکز بر نقش اتوفاژی در آلودگی ویروس های گیاهی مورد بررسی قرار می گیرد.