قارچ Serendipita indica علاوه بر افزایش رشد، مقاومت گیاهان میزبان به تنش های زیستی و غیرزیستی را افزایش می دهد. هدف از این پژوهش بررسی تأثیر مایه تلقیح های مختلف قارچ S. indica بر برخی شاخص های مورفوفیزیولوژیک، بیوشیمیایی و عملکردی گوجه فرنگی تحت تنش خشکی بود. آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار در گلخانه ای تجاری در شهرک گلخانه ای ملایر انجام شد. تیمارهای آزمایش شامل چهار سطح تلقیح با قارچ (P0: تلقیح نشده؛ P1: تلقیح شده با اسپور؛ P2: تلقیح شده با عصاره سوسپانسیون میسیلیوم؛ P3: محلول پاشی برگی با عصاره محیط کشت قارچ) و در دو سطح تنش خشکی (ظرفیت زراعی و 50% ظرفیت زراعی) انجام شد. نتایج نشان داد که تنش خشکی وزن میوه، محتوای نسبی آب، کربوهیدرات و غلظت پتاسیم و فسفر را کاهش می دهد. درحالی که تلقیح با مایه تلقیح های مختلف قارچ به ویژه عصاره سوسپانسیون میسیلیوم باعث افزایش صفاتی مانند محتوای نسبی آب (5/5%)، کلروفیل (6/2 برابر)، کاروتنوئید (17%)، فسفر (47%) و وزن میوه (48%) شده و آثار مضر تنش خشکی را کاهش داد. تنش خشکی با افزایش نشت الکترولیت باعث ناپایداری غشاء شد، اما تلقیح با S. indica باعث کاهش پراکسیداسیون لیپید و نشت یونی گردید. در بین مایه تلقیح های قارچ، عصاره سوسپانسیون میسیلیوم بهترین نتیجه را داشت. باتوجه به نتایج پژوهش حاضر و همچنین امکان کشت قارچ در محیط کشت مصنوعی، بررسی استفاده از عصاره سوسپانسیون میسیلیوم به عنوان کود زیستی، فرصت های جدیدی را برای استفاده از این قارچ در کشاورزی پایدار فراهم می کند.