زیره سبز یکی از مهمترین گیاهان دارویی ایران است که به دلیل خواص آنتی اکسیدانی و ضد باکتریایی آن در صنایع غذایی، بهداشتی و آرایشی کاربرد فراوانی دارد. در این پژوهش، اثر متقابل تنش شوری (0، 25/0، 1 و 2 دسی زیمنس بر متر مربع) و پنج توده پاکستانی زیره سبز بر برخی صفات مورفولوژیک به صورت فاکتوریل و در قالب طرح کاملاً تصادفی با 3 تکرار بررسی شده است. پس از چهار هفته صفات ارتفاع بوته، طول ریشه، قطر ساقه، تعداد شاخه جانبی، تعداد برگ، تعداد ریشه های فرعی، تعداد ریشه اصلی، میانگین قطر ریشه، وزن تر و خشک کل گیاه مورد اندازه گیری قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که اثر متقابل تنش شوری و اکوتیپ برای تمام صفات مورفولوژیک مورد مطالعه معنی دار بود. با توجه به نتایج مورفولوژیک به دست آمده تمامی صفات اندازه گیری شده در گیاه تحت تنش به ویژه بالاترین غلظت کلرید سدیم (2 دسی زیمنس بر متر مربع) کاهش معنی داری را در مقایسه با شاهد نشان داد. همچنین نتایج نشان داد که کمترین میزان صفات مورفولوژیک مورد مطالعه مربوط به توده 3 می باشد. نتایج مقایسه میانگین اثر متقابل شوری و اکوتیپ نشان داد که بیشترین ارتفاع گیاه ( cm4/26)، تعداد برگ (71) و تعداد شاخه فرعی (7) مربوط به توده 1 و در شرایط عدم اعمال تنش شوری بود. براساس نتایج مقایسه میانگین، بیشترین قطر ساقه ( mm4/26)، تعداد ریشه فرعی (54)، تعداد ریشه اصلی (9)، وزن خشک ( g48/1)، وزن تر ( g29/4) و میانگین قطر ریشه (mm82/1) را اتوده 1 و در شوری 25/0 دسی دسی زیمنس بر متر مربع دارا بود.