ترکیب میکروفلور روده جانوران تحت تاثیر غذا قرار دارد، از سوی دیگر استفاده از ترکیبات طبیعی و گیاهان دارویی سنتی در آبزی پروری امروزه روبه گسترش است. تحقیق حاضر با هدف بررسی تاثیر وجود پودر جلبک اسپرولینا و گل میخک بر میکرو فلور دستگاه گوارش بچه ماهی کپور انجام گردید. به این منظور، تعداد 160 عدد بچه ماهی انگشت قد کپور معمولی (Cyprinus carpio) با میانگین وزنی 1± 16/20 به مدت 8 هفته با جیره های غذایی حاوی مقادیر مختلف پودر جلبک اسپیرولینا (5، 10 و 15 درصد) و پودر گل میخک (2، 4 و 6 درصد) بر حسب کیلوگرم غذا تغذیه شدند. پس از پایان دوره احشا بچه ماهیان برداشت شد. DNA مورد نیاز بعد از آماده سازی از نمونه ها استخراج گردید. DNA استخراج شده جهت ساخته شدن کتابخانه مولکولی و توالی یابی نسل جدید مورد استفاده قرار گرفت. در پایان، فراوانی و تراکم باکتری ها روده از طریق مطالعه مولکولی و ساختار ژنتیکی به روش آنالیز کمی سازی مبتنی بر Real Time PCR بررسی گردید. نتایج نشان داد که افزایش میزان پودر اسپرولینا به جیره ماهیان تا سطح 10 درصد و پودر گل میخک تا 4 درصد منجر به افزایش فعالیت باکتری های فرمی کویت افزایش گردید. در حالی که فعالیت باکتری های باکتروئیده در تیمار حاوی 15 درصد پودر اسپرولینا و تیمار حاوی 4 درصد پور گل میخک مشاهده شد. با افزایش درصد پودر گل میخک در جیره غذایی کاهش فعالیت باکتریایی در هر دو گروه باکتریایی کاهش یافت. این فعالیت در مقایسه با تیمار شاهد نیز از سطح کم تری برخودار بود. لذا، افزودن پودر اسپرولینا (تا 10 درصد) و گل میخک (4 درصد) می تواند منجر به بهبود عملکرد میکرو فلور روده بچه ماهی انگشت قد ماهی کپور گردد. بر اساس یافته ها مشخص گردید که مکمل های گیاهی به طور مثبت بر باکتری های مفید میکروبیوتای روده کپور تأثیر می گذارند و می توانند یک استراتژی کارآمد برای آبزی پروری فراهم نمایند.
