درخت بادام (Prunus dulcis L.) یکی از مهمترین گونه های جنس prunus بوده و متعلق به خانواده Rosaceae می باشد. در حال حاضر اهمیت اقتصادی بادام برای کشور ما که سومین تولید کننده بادام دنیا به شمار میرود زیاد است.. بیشتر ارقام و ژنوتیپ های بادام خودناسازگار و برخی نیز دگرناسازگار هستند، لذا، برای گرده افشانی، تلقیح و تولید محصول تجاری نیازمند دانه گرده سازگار سایر ارقام با مادگی خود می-باشند. از اهداف اصلاحی در بادام، انتخاب ارقام و ژنوتیپ های دیرگل، خودسازگار با خصوصیات رویشی، خشک میوه و مغز مناسب میباشد. در این تحقیق در آزمایش اول بررسی تنوع فنوتیپی 31 نوع ژنوتیپ بذری بادام حاصل از تلاقی والد مادری شاهرود 12با ژنوتیپ های دیر گل انتخابی ارقام شاهرود 12 و همچنین برخی ژنوتیپ های برتر از نظر صفات مرفولوژیکی موردارزیابی قرار گرفت. 16 صفت کمّی و کیفی برای صفات مختلف به روشهای متفاوت و مناسب هر یک انجام شد. نمره دهی برخی صفات براساس توصیفگر بینالمللی بادام انجام شد. براساس نتایج به دست آمده در آزمایش اول برخی صفات سطح برگ، تعداد برگ، تراکم شاخه وبرگ،وزن خشک برگ،وزن تر برگ، قدرت رشدی وعادت رشدی دارای ضریب تغییرات بالایی بودند. ضرایب همبستگی ساده بین صفات نشان داد که بین برخی از صفات اندازه گیری شده رویشی همبستگی مثبت و منفی معنی داری وجود داشت. تجزیه کلاستر در فاصله 5اقلیدوسی ارقام و زنوتیپ ها را به 4 گروه اصلی تقسیم کرد که از عوامل مهم تفکیک کلاسترهای اصلی صفاتی از جمله سطح برگ،تعداد برگ، قطر تنه دانهال، میزان کلروفیل a و کلروفیل b، طول و عرض برگ بودند. تجزیه به عامل ها صفات مورد ارزیابی را به 5 عامل اصلی کاهش داد که در مجموع 92/77 درصد واریانس کل را توجیه نمودند. در آزمایش دوم، در این پژوهش، آلل های خود ناسازگاری، در 23 رقم وژنوتیپ بادام مطالعه شد.واکنش های زنجیره ای پلیمراز با استفاده از سه مجموعه آغازگر که شامل یک جفت آغازگر دژنره (PaConsIF/EM-PC1consRD)، یک جفت آغازگر عمومی (AS1II/AmyC5R) و یک جفت آغازگر اختصاصی (CEBASf/AmyC5R) می باشد. آغازگر اختصاصی CEBASf/AmyC5R، هیچ آلل خودسازگاری را در نمونه های مورد بررسی تکثیر نکرد. آغازگرهای بکار رفته در این پژوهش قادر به شناسایی 12 آلل خود ناسازگاری (S1، S2، S4، S5، S7، S8، S9،S10، S11، S14،S21، S25 و یک آلل ناشناخته SA با اندا
