در این تحقیق جهت مطالعه روابط ژنتیکی 39 رقم و ژنوتیپ بادام داخلی و خارجی از نشانگر مولکولی RAPD استفاده گردید. DNA ژنومی از بافت های برگی جوان استخراج گردید و واکنش های PCR با استفاده از 20 آغازگر ده نوکلئوتیدی انتخابی که قابلیت تکثیر و چند شکلی بالا داشتند، انجام شد. آغازگرهای انتخاب شده در مجموع 297 باند تکثیر کردند که از بین آن ها 288 باند که دارای وضوح و چند شکلی مناسب بودند نمره دهی و تجزیه آماری شدند. در بین آغازگرهای استفاده شده، آغازگر BD-04 بیشترین تعداد باند چند شکل (23 باند) و همچنین آغازگر BD-10 بالاترین میزان قدرت تفکیک (64/13) را نشان دادند و متوسط قدرت تفکیک آغازگرهای مورد استفاده 05/7 بود. بر اساس ماتریس تشابه، بیشترین تشابه (78/0) بین ژنوتیپ های (یزد 444) و (یزد 60) و کمترین تشابه (25/0) بین ژنوتیپ های ’8-16‘ و ’هیبرید هلو و بادام، مشاهده گردید و در مجموع هیبرید هلو و بادام کمترین تشابه را با سایر ژنوتیپ ها نشان داد. در تجزیه خوشه ای، ارقام و ژنوتیپ های مورد بررسی در فاصله تشابه 44/0 به 8 گروه اصلی تقسیم شدند که متناسب با منشاء جغرافیایی و برخی خصوصیات مورفولوژیکی آن ها بود. تجزیه کلاستر به طور موثری تفاوت ها بین ارقام و ژنوتیپ ها را تفکیک و شباهت های ژنتیکی آن ها را نشان داد. بر اساس نتایج بدست آمده ارقام و ژنوتیپ های (دیررس ساوجبلاغ)، (D-124)، (پاکوتاه شماره 2 طالقان)، (شماره 8-16)، (شماره 10-11)، (ارومیه 68) و (برگ درشت همدان) از نظر برخی صفات مهم مورفولوژیکی مثل عادت دیرگلدهی، خشک میوه و مغز بهتر از سایر ارقام و ژنوتیپ ها بودند. نتایج ثابت کرد که بین ارقام و ژنوتیپ های مطالعه شده تنوع خوبی وجود داشت که جهت برنامه های اصلاحی بادام می-توان از آن ها استفاده نمود.
