استفاده از نشانگرهای مولکولی بویژه ریزماهواره ها بدلیل دقت بالای آنها در مطالعه ژنوم درختان میوه از اهمیت زیادی برخوردار است. در این تحقیق جهت ارزیابی روابط ژنتیکی 68 رقم و ژنوتیپ بادام داخلی و خارجی از 22 مکان ریزماهواره استفاده گردید. DNA ژنومی از بافت های برگی جوان استخراج و واکنش های PCR با استفاده از 22 مکان انتخاب شده (از بین100عدد مکان) ریزماهواره روی آن انجام شد. از مکان های مورد بررسی در مجموع 167 آلل چند شکل که بین 4 تا 11 آلل در هر مکان SSRs و با متوسط 60/7 آلل بودند، مشاهده گردید. از بین مکان های استفاده شده، مکان های pchgms6 و UDP97401 با دارا بودن تعداد آلل زیاد، آلل موثر بالا، قدرت تفکیک کنندگی، میزان اطلاعات چند شکلی، هتروزایگوسیتی مورد انتظار و شاخص اطلاعاتی شانون بالا، نسبت به سایر مکان های مورد بررسی دارای کارآیی بهتر و مزیت بیشتری بودند. بر اساس ماتریس تشابه، بیشترین تشابه (74/0) بین ژنوتیپ های ’17-5‘ و ’21-1‘و کمترین تشابه بین ژنوتیپ ’7-2‘ با ’مشهد3‘ و ’پرلیس ‘و همچنین ژنوتیپ’4-8‘ با ’دیر رس ساوجبلاغ‘ و’ آذر‘ (14/0) مشاهده گردید. برای رسم نمودار خوشه ای از روش UPGMA و ضرایب تشابه دایس بین ارقام و ژنوتیپ ها استفاده شد. بر اساس این روش ارقام و ژنوتیپ های مورد بررسی در فاصله تشابه 40/0 به 8 گروه اصلی تقسیم شدند که متناسب با منشاء جغرافیایی و برخی خصوصیات مورفولوژیکی آنها بود.
