استفاده از نشانگرهای مولکولی به ویژه ریزماهواره ها به دلیل دقت بالای آنها در مطالعه ژنوم درختان میوه از اهمیت زیادی برخوردار است. در این پژوهش برای ارزیابی روابط ژنتیکی 68 رقم و ژنوتیپ بادام داخلی و خارجی از 22 مکان ریزماهواره استفاده شد. DNA ژنومی از بافت های برگی جوان استخراج و واکنش های PCR با استفاده از 22 مکان انتخاب شده (از بین100عدد مکان) ریزماهواره روی آن انجام شد. از مکان های بررسی شده در مجموع 167 آلل چند شکل که بین 4 تا 11 آلل در هر مکان SSRs و با متوسط 60/7 آلل بودند، مشاهده شد. از بین مکان های استفاده شده، مکان های pchgms6 و UDP97401 با داشتن تعداد آلل زیاد، آلل مؤثر بالا، قدرت تفکیک کنندگی، میزان اطلاعات چند شکلی، هتروزایگوسیتی مورد انتظار و شاخص اطلاعاتی شانون بالا، نسبت به سایر مکان های بررسی شده کارایی بهتر و مزیت بیشتری داشتند. بر اساس ماتریس تشابه، بیشترین تشابه (74/0) بین ژنوتیپ های ’5 ـ 17 ‘ و ’1 ـ 21‘و کمترین تشابه بین ژنوتیپ ’2 ـ 7‘ با ’مشهد 3‘ و ’پرلیس ‘و همچنین ژنوتیپ’4 ـ 8‘ با ’دیر رس ساوجبلاغ‘ و’ آذر‘ (14/0) مشاهده شد. برای رسم نمودار خوشه ای از روش UPGMA و ضرایب تشابه دایس بین ارقام و ژنوتیپ ها استفاده شد. بر اساس این روش ارقام و ژنوتیپ های بررسی شده در فاصله تشابه 40/0 به 8 گروه اصلی تقسیم شدند که متناسب با منشاء جغرافیایی و برخی خصوصیات مورفولوژیکی آنها بود.
