بادام با نام علمی (P. dulcis (Mill.) D.A.Webb; syn. P. amygdalus Batsch) یکی از گونه های جنس پرونوس و زیر جنس آمیگدالوس (خانواده رزاسه و زیر خانواده پرونوئیده) می باشد که به طور تجاری در مناطق وسیعی از جهان کشت می شود. از آنجایی که ارقام ایرانی بادام تاکنون کمتر شناخته شده و یا مورد بررسی قرار گرفته اند، لذا مطالعه، شناسایی و تعیین روابط ژنتیکی بین ارقام ایرانی با استفاده از روشهای مولکولی می تواند مناسب و مفید باشد. استفاده از نشانگرهای مولکولی بویژه ریزماهواره ها بدلیل دقت بالای آنها در مطالعه ژنوم درختان میوه از اهمیت زیادی برخوردار است. همچنین استفاده از نشانگرهای مولکولی با قدرت تولید بالای باند های چند شکل به منظور تعیین دقیق تفاوت های ژنتیکی بین ارقام مختلف ضروری به نظر می رسد. هدف از این تحقیق بهینه سازی استفاده از نشانگر مولکولی RAMP که ترکیبی از نشانگر ریزماهواره (SSR) و راپید (RAPD) می باشد جهت بررسی روابط ژنتیکی ارقام و ژنوتیپ های بادام داخلی و خارجی بود. DNA ژنومی از بافت های برگی جوان استخراج و واکنش های PCR با استفاده از ترکیب پرایمری انتخاب شده از بین100 مکان ریزماهواره و 120 آغازگر RAPD انجام شد. نتایج بدست آمده نشان داد که برخی از مکان های ریزماهواره در ترکیب با آغازگرهای RAPD باند چند شکل مناسبی تولید کردند و همچنین تفاوت بین ارقام و ژنوتیپ های مختلف بادام را نشان دادند که از آن جمله می توان به مکان UDP96003 اشاره کرد. همچنین آغازگر OPA8 در بین سایر آغازگرهای RAPD بیشترین تعداد باند چند شکل را تولید کرد. بهترین ترکیب آغازگری بدست آمده در این تحقیق برای نشانگر RAMP، ترکیب UDP96003R-OPA8 بود. همچنین از بین برنامه های مختلف PCR مناسب ترین دمای اتصال برای ترکیب آغازگری نشانگر RAMP، 40 درجه سانتیگراد بود. با استفاده از ترکیب های آغازگری بدست آمده برای نشانگر RAMP و همچنین نتایج حاصل از برنامه های مختلف PCR می توان از این نشانگر جهت بررسی روابط ژنتیکی ارقام مختلف درختان میوه جنس پرونوس بدلیل دقت بالا و تعداد باند چند شکل مناسب و همچنین به منظور ایجاد نقشه های ژنتیکی، اشباع نقشه های موجود و یافتن نشانگرهای پیوسته با یک صفت خاص برای انتخاب به کمک نشانگر (MAS) استفاده نمود.
