رودخانه ی گنجنامه همدان به عنوان یکی از منابع تامین و انتقال آب مصرفی بخش های صنعت، کشاورزی و مصارف شهری از اهمیت خاصی برخوردار است. تقریباً 15 درصد از آب شرب مردم همدان از رودخانه گنجنامه تامین می شود. در این پژوهش به ارزیابی کمی و کیفی رودخانه گنجنامه با استفاده از شاخص (NSFWQI) و شاخص اختصاصی ارزیابی کیفیت رودخانه (RPI) پرداخته شده است. به منظور پایش کیفی منابع آب سطحی و محاسبه شاخص های کیفیت آب از داده های 4 ایستگاه کیفیت سنجی آب رودخانه گنجنامه در دوره های آماری 1396-1387 استفاده شد. در مجموع تعداد 437 نمونه آب برداشته شد که در سال 1396نمونه برداری از فروردین ماه تا اسفند ماه بصورت ماهانه با سه بار تکرار صورت گرفت. جهت سنجش پارامترها از روش استاندارد استفاده شد. در نهایت داده ها با استفاده از نرم افزارهای SPSS و Excel تجزیه و تحلیل شد. نتایج شاخص ها نشان داد که مقادیر شاخص NSFWQI بین 96-20 و مقادیر شاخص RPI بین 11-5/0 قرار دارد به طوریکه بالادست رودخانه گنجنامه از کیفیت مناسبی برخوردار است و از بالادست به سمت پایین دست رودخانه به دلیل ورود آلاینده ها کیفیت آب کاهش پیدا می کند. بالاترین کیفیت مربوط به ایستگاه عباس آباد گنجنامه و پایین ترین کیفیت مربوط به ایستگاه حصار قصاب ها بدست آمد. از آنجاییکه غلظت برخی از آلاینده های آب بالاتر از حد استاندارد قرار دارد، بنابراین قبل از استفاده برای شرب می بایست تصفیه گردد. بررسی آماری نتایج تفاوت معنی داری بین دو شاخص NSFWQI و RPI نشان نداد که هر دو شاخص برای تعیین کیفیت آب رودخانه قابل قبول می-باشند. با توجه به نتایج حاصل و با توجه به بررسی های محیطی به نظر می رسد تخلیه زباله و فاضلاب خانگی، روستایی و شهری، زهاب های کشاورزی، فضولات حیوانی و دبی پایین رودخانه از علل اصلی کاهش کیفیت آب رودخانه در ایستگاه های مورد مطالعه باشد.