امروزه روش‌شناسی در علوم گوناگون، مورد توجه قرار گرفته است به گونه‌ای که خود به یک زمینه پژوهشی جدی و جداگانه‌ای تبدیل شده است. این‌که هر متفکر چه روشی را برای بیان علم مورد نظر خود اتخاذ کرده، در به دست آوردن نظام حاکم بر دستاورد‌های او، انسان را یاری می‌کند. یکی از اندیشمندان و فلاسفه بزرگ و بنیان‌گذار مکتب حکمت متعالیه، ملاصدرا است که روش حاکم بر فلسفه او معرکۀ آراء قرار گرفته است؛ از طرفی علامه طباطبایی که به فیلسوفی نوصدرائی مشهور است و توجه به روش‌شناسی ایشان نیز اهمیت دارد؛ از این‌رو مقالۀ حاضر با روش توصیفی-تحلیلی به بررسی روش‌شناسی فلسفه ملاصدرا و علامه طباطبایی می‌پردازد و مشخص می‌گردد که فلسفۀ ملاصدرا مکتبی مستقل است و روش حاکم بر فلسفه وی، روش عقلی و برهانی است و ایشان در مقام داوری از روش برهانی یا روایات بهره جسته است؛ همچنین علامه طباطبایی(ره) از روش عقلی صرف برای بیان فلسفه استفاده می‌کردند و از نقل و وحی و شهود در فلسفه در مقام گردآوری استفاده کرده‌اند.
