فعالیت‌های پژوهشی دانشگاه ملایر را اعضای هیئت علمی انجام می‌دهند، که در گروه‌های
آموزشی، در دانشکده‌ها، مشغول به کار هستند. کارنامه پژوهشی یک گروه آموزشی یا یک دانشکده
همان مجموع کارنامه‌های اعضای هیئت علمی آن گروه یا دانشکده است.
در زیر، فهرست گروه‌های آموزشی به تفکیک دانشکده، آورده شده‌است:
دانشکده علوم ریاضی و آمار
دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست
دانشکده ادبیات و علوم انسانی